Identity Comparison

本文将东南亚登革4种类型病毒的全基因组序列作为研究对象。对序列的总体特征归纳总结可得出表3-1。

4种类型的序列中，碱基A的含量均为最高，平均含量分别为：32.01%、33.07%、32.12%和30.97%，而碱基C的含量均为最低，平均含量分别为20.69%、20.57%、20.69%和20.82%。

从病毒基因组的相似性分析结果（图3-1）中可以得知：(图中每个小块代表两两序列间的相似度，以白色对角线分割，矩阵中右上部分为核苷酸相似度，左下部分为氨基酸相似度)

在同一血清型中核苷酸序列的相似度在23.7%至99.9%之间，氨基酸相似度在5.8%至99.9%之间，但通常氨基酸相似度要相对更高。几种血清型中1型病毒氨基酸和2型病毒的核苷酸相似度相对最低，3型病毒的氨基酸和核苷酸相似度相对最高。1型病毒中2001年缅甸和印度尼西亚2004年的序列与同类型相似性明显有较大区别，柬埔寨与其他国家的氨基酸相似性较低，但与越南2004年的序列相似性较高，部分相似性指标高达97.5%；2型病毒中相同国家之间的氨基酸及核苷酸相似性相对较高，马来西亚和印度1961至1980年部分的序列氨基酸相似性相对稍低，达5%左右，3型病毒各系列的氨基酸相似性则不会出现该种异常，均保持在95%以上，4型病毒2004年印度尼西亚序列与其他序列的氨基酸相似性极低，平均为5.9%。

在四种血清型的相似度对比中，种间明显更为相似，不同类型之间病毒的核苷酸氨基酸相似性皆低于50%,而4型病毒来自印度尼西亚2004年的AY858050基因组则不符合这种特点，与同种间其他的序列明显相异。以1型病毒的结果为例，各国家中的序列相对一般更为相似，如印度、菲律宾等国家，但后方的缅甸并不符合此特点。